По моему, немного странный вопрос: Cloud9 или Github?
Это как если бы спросить: вам кружку или кофе?
Github - для того, чтобы хранить код и делиться им с другими. Вам всё равно надо будет где-то этот код запускать (на Cloud9, локально или у провайдера...)
Cloud9 - это среда для разработки. Вам всё равно нужно будет где-то код хранить. На Github, на флэшке, на сервере...