Как сделать отказоустойчивость от двух провайдеров на linux?

Бондинг это объединение портов в один логический порт и работает только при одинаковой настройке с двух сторон, когда вторая сторона это 2 провайдера, то бондинг не то.

Может ли провайдер изменить протокол на транспортном уровне и прочитать ваш трафик?

Так сделать нельзя, в сквиде метод коннект пробрасывает коннект дальше и трафик не расшифровывается.

Как в Nginx задать server по умолчанию для 443/ssl порта?

Работает, главное чтобы все остальные директивы listen на порт 443 были с ssl.

Почему Reg ru недоступен?

Кстати, они в ВК заявили, что используют anycast для размещения ДНС, однака в том же блоке, судя по райпу он /23, проба через looking glass подтверждает это, размещается и их сайт reg.ru, а в той же автономке есть еще куча анонсируемых префиксов, например
193.124.44.0/23AS197695
151.248.112.0/22AS197695
и т.п. (ищите по fulltext search в райпе, как вариант). Плюс в том же райпе для из автономки всего 3 аплинка, что явно "не правда" и провокация, а не anycast.