Ну тут дело не в kohana. Я не знаю куда именно вам нужно вставить слайдер, но делается все так же, как и с обычным html.
1. Подключаем js-скрипт
<script type="text/javascript" src="/путь/до/скрипта.js"></script>
2. Вставляем слайдер в страницу. Что-то вроде:
<div id="slider">...</div>
3. Инициализация слайдера. Что-то вроде:
$('#slider').slider({...})
Могу только добавить, что в вашем примере скрипты подключаются через
<?php echo URL::base(true, true); ?>
. Данная конструкция просто возвращает адрес сайта.
Файл
template.php - это простой layout, в который вставляются остальные страницы. В нем подключайте js-скрипты, css-стили и т.д.
Файл
index.php, как я понял - это и есть шаблон главной страницы, вот в него и вставляйте слайдер.