Я выстроил для себя такой workflow:
1) Бумажный блокнот. Люблю почеркаться, а потом перенести записи в онлайн.
2)
mind42.com Классические mind maps для структур информации.
3)
https://workflowy.com/ Для постановки задач. Удобно использовать как расширение карт памяти. Легкое и простое приложение. Отлично совмещается с методикой GTD.
4)
https://www.evernote.com/ Для развернутых записей.
5)
https://raindrop.io/ Коллекции ссылок по тематикам.
moropsk подсказал.
6)
https://www.google.com/keep/ Для оперативных списков, например покупки в магазине.
7) GitHub и CodePen для кода.
Может показаться, что количество инструментов избыточно, но они покрывают 99% задач, с которыми мне приходилось сталкиваться.