iXCray

id_rsa - это обычно приватный ключ, в то время как id_rsa.pub - публичный.
проверьте наличие обоих файлов, и поправьте конфиг по умолчанию, соответственно.
Судя по дебагу, вы скармливаете приватный ключ под видом публичного (судя по имени файла).

А также проверьте, чтобы на сервере, куда происходит соединение, содержимое публичного ключа пользователя лежало в файле /home/{username}/.ssh/authorized_keys

YAWS/nginx + php-fastCGI, в этом случае Вы дополнительно выигрываете в возможности держать постоянное соединение с МонгоДБ.

Есть есть такие запросы, ответы на которые можно кешировать, то цепляете ramfs, внутрь папку для кеширования, на эту папку завязываете nginx, чтобы кешировал ответы на определенные запросы.