Решено:
В комплексном компоненте каталога есть возможность передать "фильтр", который должен сработать, как параметр arFilter метода CIBlockElement::GetList. Это примерно так выглядит:

$APPLICATION->IncludeComponent(
        "bitrix:catalog",
        "",
        Array(
        ...
            "USE_FILTER" => "Y",
            "FILTER_NAME" => "arFilter",
        ...
            ),
            false
        );

Для фильтрации по цене, arFilter должен выглядеть как-то так:

global $arFilter;
    $arFilter['CATALOG_PRICE_1'] = '99';

CATALOG__ - фильтр по полю CATALOG_FIELD из цены типа PRICE_TYPE (ID типа цены), где CATALOG_FIELD может быть: PRICE - цена, CURRENCY - валюта.