Если делать небольшие перерывы и не сидеть близко у монитора, то всё будет хорошо.
Что касается разницы между проектором и монитором - разницы особой нет. Вред зрению раньше приносили старые трубчатые мониторы, но современные ЖК мониторы особого вреда не несут.
Собственно, если копнуть глубже в суть проблемы, то вред зрению наносит не сам монитор (речь про современные), а нагрузка на глаза, которую создает человек во время работы. Здесь может быть что угодно, чтение книги, работа за компьютером, что-нибудь еще. Если близко находиться к монитору - разовьется близорукость. Аналогично, если беспрерывно смотреть в одну точку, зрение также можно потерять (а так же может появиться головная боль, что нередко).
Лично я вижу преимущество проектора только в том, что изображение можно сделать в разы больше, подальше сесть и наслаждаться большой приятной картинкой.