Игорь Катков

Переписав код таким вот образом проблема решилась

public function parseBrands()
    {
        $em = $this->em;
        for ($iteration = 2637; $iteration < 3144; $iteration += 1) {
            $category = $em->getRepository('MainCatalogBundle:Categories')->findOneBy(
                array(
                    'id' => $iteration,
                )
            );
            if ($category) {
                echo $category->getId();
                foreach ($category->getProducts() as $product) {
                    $brandId = $product->getBrand()->getId();
                    $brand = $em->getRepository('MainCatalogBundle:Brand')->findOneBy(
                        array(
                            'id' => $brandId,
                        )
                    );

                    if (!$brand || $category->getBrands()->contains($brand)) {
                        break;
                    }

                    $category->getBrands()->add($brand);
                    $brand->getCategories()->add($category);

                    $em->flush();
                }
                $em->clear();
            }
        }
    }

В общем сегодня утром включил проект и все магическим образом заработало. Странно, ведь кэш я чистил. Значит я думаю нужно действовать по советам Дениса. Напишу список действий для тех, у кого будет такая же проблема:

1. Добавить необходимые аннотации к свойствам
   
2. Проверить правильность командой php app/console doctrine:schema:validation
   
3. Удалить все свойства у рабочих проектов и выполнить команду php app/console doctrine:generate:entities "ВашБандл"
   
4. Выполнить php app/console doctirne:schema:update --force (при необходимости сделать сначала --dump-sql, что бы просмотреть изменения)
   
5. Profit!
   

Документация Doctrine по связям: doctrine-orm.readthedocs.org/en/latest/reference/a...