iMike

Руками делаете или в Interface Builder'e?
Если в IB, то проблем быть не должно, там создаете NavigationController с ним вместе будет создан ViewController, который подцеплен к NC как root, далее просто show segue на другой VC от любой кнопки и все будет с Navigation Bar'ом.

Если руками, то:
let vc = UIViewController()
let nav = UINavigationViewController(rootViewController: vc)
present(nav, animated: true)

Других вариантов нет, работает все отлично

Я тоже почти ничего не понял, но у меня все нормально отображается, кликается, перемещается.
Xcode8, macOS Sierra, MBPr early 2015 13"

Правильно и через segue и без него. А предупреждения о том, что вы действуете как-то не так, не может быть. Скриншот прилагайте или хотя бы текст предупреждения. Наверняка этот warning будет говорить о чем-то другом, нежели о навигации.

Я тоже пробовал когда-то, не получилось. Так и приходится платить каждый год $100 )))

Сейчас локализация работает даже для Interface Builder'a. И да, кастомные контролы IB тоже рендерит на ура.