Пользовался парой десятков систем, но сейчас остановился на pivotaltracker.com. Там здоровый минимализм, гибкая и элементарная настройка рабочей страницы, управление от user stories (но есть и bugs, и chores, и релизы). То, что доктор прописал для малых и средних проектов!
