Понятно лишь одно, проект пока в теории, я так тоже делал когда слабо понимал в реализации, правильно сделали что обратились сюда. Для начала вам нужно познакомиться с
module.exports = {} чтобы реализовать это:
Проблема заключается в том, как разделить функционал по файлам и чтобы все работало. Вам не нужно разделять на файлы каждую операцию, у вас есть модуль - например авторизация, один файл. В котором будет запись и выемка из бд. Можете разбить на 2 файла reg/auth и засунуть в папку.
Настоятельно рекомендую делать так, как вам удобно, а уже потом искать устоявшиеся пути решений.