hint000

1) В настройках браузера куки принимаются не с любых сайтов? Некоторые сайты не открываются, пока не разрешишь принимать от них куки. Если никаких ограничений на куки не настраивали, тогда сразу второй вариант.
2) Вы очистили кэш удалением файлов. А теперь в настройках браузера попробуйте очистить кэш и куки.

я хром переустанавливал, и отключал всякие расширения - бесполезно

А юзерский профиль Хрома вы не удаляли, наверное. После переустановки Хром продолжает использовать сохранившийся профиль. А там не только ценный мех кеш, история, закладки, но и настройки браузера. Какая-то кривая настройка вполне может портить жизнь.

Например, считаем, количество статей, отображаемых на главной странице Хабра. Смотрим код и выбираем ключевое слово tm-article-datetime-published

curl https://habr.com/ru/articles/ | grep tm-article-datetime-published | wc -l

получаем результат: 20

Без каких либо запросов или уведомлений, что работа уже не в хром.

По-моему, дело как раз в том, что это неверное утверждение. Web-приложение может работать всё в том же Chrome, только в полноэкранном режиме без отображения элементов интерфейса браузера. Так что Chrome не открывает никакое внешнее приложение.

Это от мыши и\или от мышиных настроек. Попробуйте уменьшить разрешение мыши, или поэкспериментировать с настройкой клика (если есть продвинутые настройки в драйвере).