Хотелось бы отследить что кодеры намудрили, подозрения что они воруют данные
Кода очень много, ну и я знаком с php на базовом уровне.
К сожалению гит появился только после моего прихода как сисадмин.
Отслеживать через tcpdump очень трудоемко.
Дополню немного Дмитрия.
исходя из вопроса человек начал недавно знакомство с nginx и абсолютно нормально что есть недопонимание архитектуры.
по сути nginx не умеет обрабатывать ничего кроме статики, всю работу по обработке скриптов выполняют "сторонние" службы(service)
В вашем случае гуглите установку php-fpm+ nginx
По чужим следам вы все сможете сделать.