Если не получается в часах - то у вас остается 2 варианта:
1) Сдельщина. Определяете стоимость прототипа и по окончании работ умножаете эту стоимость на количество. Можно предварительно оценить это само количество, исходя из оценки запросить предоплату, и уточнить общую стоимость по окончании работ
2) Оцениваете примерно количество прототипов и определяете общую стоимость. Опять же можно уточнить, что по окончании работ стоимость также может быть уточнена в зависимости от реального количества прототипов