Николай

. (x1, y2) _ _ _ _ . (x2, y2)
| ..................... |
| ..................... |
| ..................... |
| ..................... |
. (x1,y1)_ _ _ _ _ . (x2, y1)
Для таких случаев удобно на бумаге нарисовать

Долго сражался с этим. Единственное решение, которое работало для балунов - искать метку руками и удалять все остальные из objectManager'а. Тоже костыль, но работает. С кластерами имхо ничего не сделать в данной реализации, т.к. они пересчитываются при добавлении новых и в общем случае кластера после пересчета может уже не существовать.
Есть довольно очевидный вариант - не вызывать загрузку в boundschange, если в данный момент открыт балун. Решение тоже костыльное, и тоже не самое лучшее.

При нажатии на pin?
Тогда там всё тоже самое, что и с обычным Placemark.
песочница

Для этого нужно использовать кастомный темплейт балуна: yandex maps api

Подпишитесь на эвент dragend у метки.

Это же тот самый файл, который на вкладке js.

Для добавления наборов объектов стоит воспользоваться классом objectManager
У него есть много хороших возможностей. Например, добавление всех геоОбъектов за раз, удобная работа с событиями, кластеризация(если нужна). В том числе, если при добавлении объектов можно указать им id, и затем получать их по этим id из коллекции.

Вопрос в чём? Как что-то делать при нажатии на метку?
Тогда вот ответ:
1. ставим options.openBalloonOnClick = false для меток
2. Пишем обработчик нажатия на метку:

placemark.events.add('click' , function(event) {
    // здесь делаем, что надо
});

Может вам подойдет такое решение:
1. Засовываем все объекты в GeoObjectCollection. (по идее у карты есть стандартная коллекция map.geoObjects, и с ней тоже должно всё работать).
2. Вызываем

myMap.setBounds(myGeoObjectCollection.getBounds());

После этого можно в принципе и точку центра карты вытащить.
Ссылка на описание класса GeoObjectCollection: https://tech.yandex.ru/maps/doc/jsapi/2.1/ref/refe...

Как вы правильно отметили в ссылке на форуме яндекса - не работает потому что берется цвет из preset'a. Можете сделать pull-request и подправить код. Там нужно добавить примерно такое:
( файл pieChartClusterer.js)

createCluster: function (center, geoObjects) {
 // Создаем метку-кластер с помощью стандартной реализации метода.
 var clusterPlacemark = PieChartClusterer.superclass.createCluster.call(this, center,   geoObjects);
  var styleGroups = geoObjects.reduce(function (groups, geoObject) {
  var style = geoObject.options.get('iconColor', null);
  // eсли iconColor параметр не указан - берем значение из preset'а
  if (style === null) {
    style = getIconStyle(geoObject.options.get('preset', 'islands#blueIcon'));
  }
  ...
            
};

И пробросить значение в функции ( файл component/Canvas.js)

Canvas.prototype._getStyleColor = function (style) {
        return (iconColors[style] === undefined)? style: iconColors[style];
    };

Для иконок кластеров свойства указываются с префиксом cluster. В вашем случае нужно добавить свойство clusterIconColor.

Создать 2 объекта objectManager со включенной кластеризацией.

var objectManager = new ymaps.ObjectManager({
    // Включаем кластеризацию.
    clusterize: true,
});

дока яндекса