Второй вариант наверное действительно проще.
Нужно:
1. Загрузить все на карту - готово.
2. Кликнуть на балун и предотвратить его показ - не уверен, как именно.
3. Получить контент балуна (как я понял тут что-то похожее есть -
https://tech.yandex.ru/maps/jsbox/2.1/object_manag... )
4. Передать полученный контент в свой контейнер (тут ясно)