Для добавления наборов объектов стоит воспользоваться классом
objectManager
У него есть много хороших возможностей. Например, добавление всех геоОбъектов за раз, удобная работа с событиями, кластеризация(если нужна). В том числе, если при
добавлении объектов можно указать им id, и затем получать их по этим id из коллекции.