Николай Конюхов

PHP делает копию переменной внутри цикла (и некоторых других ситуациях) $post. Чтобы этого избежать - используйте ссылку на объект &
foreach ($posts as &$post) {

Возможно вместо использования parent_id вам больше подойдет nested sets, статья на хабре

1) используйте file_exists($filepath)
2) у метода должна быть единственная ответственность - если это save() - то он только сохраняет. Создайте отдельный метод с логичным названием для удаления файлов

SELECT FOR UPDATE

Не использовать preg_replace

В любой непонятной ситуации используйте XDebug

С помощью curl и preg_match. Сделайте сами

$generatedFileName = md5($file['tmp_name']);

Правильнее будет тестировать локальную копию сайта, до выкатывания изменений в production - тем самым вы избавите себя от опасности внесения изменений в БД и более полно сможете провести приёмочные тесты. Так же сможете избавиться от проблем ложноположительных срабатываний из-за ошибок сети.
Посмотрите в сторону CI - по расписанию будет создаваться отдельный контейнер (ОС + amp + codeception), выгружаться проект из CVS, заливаться актуальная версия БД, прогоняться тесты и, если они успешно пройдены, заливать изменения в prod

$retVal = -1;

$arr = [1, 0, 3, 4, 0, 5];
$searchedValue = 3;

$arrayKeys = count($arr)-1;
for ($i = $arrayKeys; $i != 0; $i--) {
       if ($arr[$i] === $searchedValue) {
               $retVal = $i;
               break;
       }
}

return $retVal;

php version 5.0++: вызов нестатического метода статически вызовет ошибку уровля E_STRICT.
php version < 5.4: E_STRICT не входит в E_ALL.
php version = 5.4++: E_STRICT стал частью E_ALL.

Не вникал в написанное, но думаю решения гуглятся

Xdebug profiler

Посмотрите тут

На оверфлоу посмотрите

Сделать синглтон?