Имеется куча HTML-ек, ссылающихся друг на друга и PDF-ов. Есть ли апп для айФона, позволяющий в условиях отсутствия сети чтение и навигацию?

Эх, я уже вылогинился, чтобы не заходить на хабр ближайшие лет 5, но хорошему человеку нужно ответить :)

Если сеть сертификат разработчика, то сможете сами склепать минут за 30.
Возьмете пример с web view из WWDC.
В настройках проекта просто включите iTunes Sharing.
В web view пропишите локальный скажем index.html
Файлы потом заливаете и синхронизируете через iTunes.

Из того, что есть по идее без навигации только отдельные файлы будет просматривать.