Не забывайте и про то, что однажды сайт захочется дополнить, изменить, переписать заново, но взять какой-то старый блок.
Да, все карусели, слайдеры, поповеры, всякие переключатели, адаптивные фоны, прелоадеры и так далее - все это есть и на чистом js, и на css3 стали появляться. Но на jquery выбор больший.
Представьте, вот есть гениальный программист, который досконально знает js и написал отличное меню, используя селекты. А есть отличный веб-дизайнер, который нихрена не понимая js, не думая о кроссбраузерности и всем таком (за него уже подумали разработчики jquery) написал прекрасный скрипт меню, которое красивое, функциональное и работает на какие-то копейки медленнее. Ну и что Вы выберете?
Да это если еще программист действительно может уловить все тонкости, вспомнить поддержку всех используемых функций и так далее. Не забывайте, что над jquery работает еще и огромное сообщество.
Резюмируя: нет ничего страшного в использовании jq в проекте, время и/или средства, потраченные на чистый js возможно стоит потратить по-другому.
