Вам предстоит долгий и тернистый путь. Порядок изучения такой:
1. Дискретная математика (Булева алгебра, Логика. В т.ч. Карты Карно, КНФ, ДНФ).
А.И. Белоусов, С.Б. Ткачев «Дискретная математика»
А.Я. Савельев «Основы информатики»
2. Электротехника
Бессонов Л. А. «Теоретические основы электротехники. Электрические цепи»
3. Электроника
Жеребцов И. П. «Основы электроники»
4. Схемотехника
Угрюмов Е. «Цифровая схемотехника»
5. Очень полезны знания Технологии Приборостроения
В.А. Шахнов «Конструкторско-технологическое проектирование электронной аппаратуры»
6. Программирование (С и Assembler)
Г.С. Иванова «Основы программирования»
Г.С. Иванова «Объектно-ориентированное программирование»
Г.С. Иванова «Технология программирования»
Юров В., Хорошенко С. «Assembler: учебный курс»
7. Программирование микроконтроллеров (AVR, в частности)
В.Я. Хартов «Микроконтроллеры AVR. Практикум для начинающих»
Кроме этого, на каждом их этапов придется осваивать специализированные программные пакеты.
В данном курсе опущена ветка проектирования печатных плат, создания ПЛИС, систем на кристалле, т.к. ваша цель непосредственно МК AVR.