Guriyar

Джеффри Рихтер. CLR via C#
Библия C#, точно так же как Страуструп - библия C++. Если осилишь, то можно не бояться любого собеседования по C#. Но если нет опыта программирования совсем, то стоит начать с чего нибудь попроще.

1. Можно для первого объекта вместо Start() использовать Awake()

private void Awake()
 {
        Instance = this;
}

2. Все необходимые вычисления во втором объекте перенести из Start() в Update() типа такого:

public class SomeClass : MonoBehaviour
{
    private bool _inited = false;
    private void MyStart()
    {
        Transform someTransform = GameController.Instance.SomeTransform;
    }

    private void Update()
    {
        if (!_inited)
        {
            MyStart();
            _inited = true;
        }
    }
}

Поддержу Александра. Мы решали подобную проблему при помощи AssetBundles. Создавали бандл, содержащий конфиги, модели с текстурами и т.д. При старте проверяли - есть ли на сервере новая версия нужного нам бандла.
Обратите внимание, что "bundles are not fully compatible between platforms." (docs.unity3d.com/ScriptReference/AssetBundle.html) Поэтому для каждой платформы (iOS и Android) мы делали свой бандл.