gubber

Как вариант. Надо иметь два набора конфигов, один стандартный внутри jar файла, второй настраиваемый снаружи. И потом по порядку:
1. читать настройки из файла стандартных настроек
2. читать настройки из файла опциональных настроек.
В этом случае для настроек не указанных во втором файле будут взяты значения по умолчанию.

Слишком мало данных, чтобы дать точный ответ.
Смысл в том, что ресурсы должны быть не в корне проекта, а в корне исходников. Т.е. если у Вас простое Java приложение (не maven и пр.), то ваши исходники с большей вероятностью находятся в папке src. Именно туда и надо положить файл ресурсов.

1. Кажется Вы путаете контекст, где выполняется парсинг. Форма отображается на клиенте (в браузере) и обработка формы происходит на клиенте. Сервлет же выполняется на стороне сервера. Т.е. форма должна прислать на сервер данные, которые сервлет (уже другой) обработает эти данные и начнёт парсить запрошенный URL
2. Выносить логику в JSP не имеет большого смысла. Т.к. JSP компилируется в servlet. И так же обрабатывается на стороне сервера.