1) Не страдайте фигней, для конфигов есть %APPDATA% или "user.home".
2) Зависимости можете тупо взять и засунуть в jar проги, т.е. открываете архиватором jar зависимости и все содержимое перетаскиваете в jar вашей программы.
3) Более правильный вариант просто настроить мавен чтобы он запаковывал зависимости в jar бинарника.
4) Более тупой вариант взять вашу прогу и сделать sfx архив который при клике на него распакуется куданибудь в %temp% и запустит программу.
5) Использование launch4j еще больший маразм, пользователь в большинстве случаев тупой и не догадается поставить рантайм явы. Лучше используйте
Self-Contained Application Packaging