Всё куда проще.
Такая тема есть в дефрагментаторе JKdefrag (более новое перевоплащение Mydefrag).
В папке example есть скрипт "MoveToEndOfDisk". Нужно его просто перенести в папку Scripts и он будет отображаться в списке прграммы
Правда сами создатель в мануале пишут про этот метод примерно тоже самое что и другие комментаторы
ЗЫ:MyDefragGUI, где кстати так же можно выставить опцию "перенести в конец", это прога от других ребят... и чето текст у меня криво показывает