Проблема решена, в одном среди кучи js файлов было вот это:
$(window).resize(function () {});
Я так понимаю, когда всплывает мобильная клавиатура, она изменяет размер окна и срабатывает resize в котором была ветка, которая при определенных условиях, когда изменяешь размер окна, скрывались некоторые блоки.