У меня так не коверкается, но иногда остаются следы старого текста при прокрутке, т.е. строки наслаиваются друг на друга. После примерно дня работы начинает тормозить работа с XML, а также подтекает память. Ubuntu 10.04 x64.
И вообще, после апдейта до Eclipse Juno часто возникает мысль откатиться обратно на старую версию, которая работала отлично.