Возможно, что RouterBoard (конкретно ваша модель) во время перезагрузки становится простым свичом.
Столкнулся с этим на RB1100AHx2. Он двумя портами уходит в один коммутатор. Во время перезагрузки запетлевал одним VLAN-ом, коммутатор петлю не поймал (причину не помню).
Задал вопрос "знатоку" микротиков Saab95 на forum.nag.ru, ответа не получил.
Думаю, Вам стоит проверить эту версию экспериментом.