определить, какие файлы/папки были добавлены или модифицированы по сравнению со стандартной (чистой, только что установленной) сборкой WordPress
Элементарно. Скачиваешь свой сайт на ПК (кроме wp-content/themes|plugins|uploads) и
оригинальный дистрибутив этой же версии ВП.
В любом нормальном файл-менеджере есть функция синхронизации файлов. Или воспользоваться спец программками для этого. Они и найдут все различающиеся файлы/лишние и чем отличаются.
и накатить на него сверху файлы, которые были добавлены/ изменены на действующем сайте, чтбы получить его локальную рабочую копию
А вот этого делать не стоит. Даже нельзя.
Всё что там накуролесили нужно используя
стандартные средства переделать в
плагины.