Я даже не понимаю как так получается, что файл index.php абсолютно пустой, но при этом всё ОК
Если всё так печально, то подозреваю, что знания практически на нуле. Соответственно, вырезав часть функционала, дальше дело скорее всего не сдвинется. Как разобраться в устройстве? Да просто смотрите, как он работает - отдельные модули или всё построено на классах. Но опять же, если нет знаний, сможете ли вы разобраться с этим кодом?!
Поэтому лучше берите форум целиком, дабы не городить ошибки, и пытайтесь уже изменять его функционал. Хотя, конечно, надо начинать с изучения основ ;)