В первом случае вносятся изменения в объект arr, соответсвенно, раз в newArr хранится ссылка на объект arr, то и newArr меняется. Во втором переменной arr просто присваивается новое значение.
Потому что вы указали регулярное выражение, которое соответствует всей строке "+123(45)678-90-12". Поэтому если поделить эту строку на части с помощью сплита получаются два пустых элемента на выходе
