SELECT *
FROM `table`
ORDER BY (MATCH `column1` AGAINST ('обучаемость, пунктуальность')) +
(MATCH `column2` AGAINST ('курение, болтливость')) +
(MATCH `column3` AGAINST ('Курск'))
Можно ещё домножить каждую скобку на весовой коэффициент, определяющий важность данного столбца в поиске.