первое что приходит в голову, это конечно google charts )
code.google.com/apis/chart/

Вам совершенно правильно пишут — центральный репозиторий должен быть bare и вы не должны ничего с ним делать.
Если нужно что-то сбилдить — делаете клон на билд машину и там собираете.

я пользуюсь под линуксом и виндой workrave — вполне симпатично.