Maksim

А зачем в контейнер закрывать приложение или БД? Потому что они меняются и работают параллельно. Если сервер тоже так работает, то его тоже можно закрыть в контейнер. Если же вам не надо ничего делать с сервером, то это будет просто бесполезной работой. Не забывайте смысл девопса - автоматизировать, т. е. избавляться от затратной рутинной работы.

Nginx кладут в docker-compose, чтобы получить готовый боевой инстанс веб-приложения после docker-compose up. Если на целевом сервере крутятся несколько приложений и перед ними нужна маршрутизация/балансировка, то reverse proxy в таком случае разворачивается и управляется отдельно.