Максим

После прочтения все вопросы должны отпасть, для практики попробуй разобраться в архитектуре фреймворка, Yii например,

Все работает из коробки, запускать нужно из папки tests, там есть bootstrap файл, который загружает все необходимые классы.
В этом случае команда будет примерно такая:
phpunit unit/MyOneTest.php
Или все тесты с папки unit
phpunit --verbose unit

Сложные структуры, где необходимы id, классы (типа представленной вами) хранить в html/xml файле и инклудить в контент каким нибудь компонентом (как это сделано в битрикс, например).
Стоит хранить html разметку в базе если это простейшие структуры типа тех, что получаются при работе в визуальном редакторе (markdown, ckeditor), как это сделано во многих cms (drupal, тот же битрикс и т.д.)