Больше всего похоже на то, что определенные папки/файлы для записи были созданы под sudo и теперь нет прав на запись в них. Можно настроить docker так, чтобы ему не нужен был sudo для работы (в сети есть инструкции), после этого поменять владельца папок/файлов на того юзера, из под которого работает докер.