1 вариант - включен режим без сети. Можно посмотреть через "SHOW VARIABLES LIKE 'skip_networking';" - если в On, значит ищите - где оно включено.
2 вариант-есть дополнительные файлы конфигурации - в /etc/mysql.d, в /root и т.п.
У Bitrix например есть в etc своя директория с конфигурационными файлами.
