Предлагаю использовать Word
1. Скопировать весь текст расшифровки видео на YouTube включая тайм коды.
2. Вставить в Word.
3. Перейти в "Вставку" >> "Таблица" >> "Преобразовать в таблицу..."
4. В открывшемся окне установить "Число столбцов" >> 2 >> ОК.
5. В левом столбце будет "Тайм код" в правом столбце будет "Текст расшифровки видео".
6. Скопируйте правый столбце "Текст расшифровки видео" в новый файл и сохраните.