В общем, законно ли это вообще и правильно ли я понимаю БЭМ?
Да законно, в БЭМ нет ограничений во вложенности в HTML коде. Но в данном случае лучше сделать logo элементом nav, тогда блок nav можно будет использовать где угодно на сайте, а не только в шапке.
