"А" запись в DNS указывала на реальный IP сервера до того, как сервер был спрятан за CloudFlare и эту информацию можно отыскать (интернет помнит всё). Так и узнали.
Можно поменять IP. Можно с помощью фаирвола запретить подключаться к серверу всем, кроме
CloudFlare (собственно это в любом случае надо делать иначе в чём смысл). Но лучше сделать и то и другое.