ggagnidze

Я думаю для правильного решения задачи нужно понимание о каких изменениях вы хотите узнавать: «юзеры сайта заменили файл в катплог uploads» или «злобные прошаренные хакеры взломали истему и подчистили следы»?
Решения естественно будут разные.