Если я правильно понял проблему (при удалении команды из кода, она не пропадает в дискорде), то есть 2 решения этой проблемы.
1) Просто выгнать бота с сервера (если нет желания решать это с помощью кода). Вариат так себе, как не крути.
2) Не знаю, как у вас написан обработчик команд, но думаю, что в нем есть только триггеры на новую команду и на обновление существующей. Я использую создание и удаление команд при запуске бота или подключении его к серверу.
for (const interaction of commandsIT.cache) {
const command = bot.commands.any.find(el=>el.names.includes(interaction.name));
if(!command&&interaction.delete) interaction.delete();//Если команды нет и есть возможность - удалить слэш команду
}