хочется сразу взять верный старт. - и в этом ваша главная проблема. Целесообразнее начать набираться опыта и сравнивать разные подходы.
Графика, она бывает разная. Есть kde, который может пару гиг откушать, есть icewm, который кушает пару сотен мег.
Вывод - графика кушает ресурсы.
Помогает ли GUI удобнее админить сервер - и да и нет. Командная строка помнит всю историю набранных команд, GUI - не помнит, какие кнопки и в каком порядке вы тыкали.
С другой стороны, в GUI можно быстро натыкать всякие вещи, которые из командной строки правятся долго и нудно.
Что касается безопасности - небезопасности - здесь можно дать ответ только из общих соображений - обеспечить безопасность графического UI для программиста сложнее, чем обеспечить безопасность консольного UI
Главный плюс работы с консолью - вы много узнаете о внутренней кухне ваших серверов, о расположении и синтаксисе конфигурационных файлов и прочем. И еще, все гайды в интернете обычно перечислены в виде списков команд, а не "пойди туда, ткни сюда".
Вывод - учите консоль.
