В общем, решил проблему так:
1. Создал ветку на гитхабе через веб интерфейс
2. Создал у себя git репозиторий командой git init
3. Добавил удаленный репозиторий командой git remote add github ссылка на гитхаб, где github - это имя репо удаленное, я назвал гитхаб, мне так удобнее и понятнее.
4. создал у себя ветку, назвал также, как на гитхабе в пункте 1. Команда git checkout -b имя ветки
5. В этой ветке я добавил файлы для загрузки: git add файлы
6. Закомитил их: git commit
7. Сделал пул реквест: git pull github
8. Запушил свою ветку в ветку гитхаба на сервере: git push github имя ветки (имена веток должны быть одинаковы)
