Как лучше организовать архитектуру проекта?

Олег, у Вас есть модель, которая бы решала эти проблемы?

Как подменить используемый EntityManager?

Просто интересно, для чего тебе это?

Doctrine\ORM\EntityManagerInterface:
   class: App\Proxy\EntityManagerProxy

Так не работает?

Возможно ли сделать mock сервиса?

не readonly, а private наверное

можно тупо сделать public: true у сервиса

или переопределить, это в файле services_test.yaml

Что обязательно нужно знать в PHP и что посоветуете выучить?

Kirill Mokevnin, про DDD запилить вебинар есть в планах? Спасибо за вашу работу!

Как отделить бизнес-логику?

А как книжечка называется?

Куда двигаться дальше, какие паттерны проектирования используют сегодня?

Про сингл респонсобилити вчера на хабре статью на прочитал?

Как на выводе файла исключить пустую строку?

Поправил.

Что почитать про тестирование PHP?

GTRxShock, а Экстремальное программирование. Кент Бек. почему забыли?)

Как из одного массива объектов вычесть другой массив объектов?

нормальное решение. lodash лишняя зависимость.

Как провести сортировку содержимого файла по последним символам на PHP?

Вот быстро накидал, порефакторить конечно нужно.

$list = [
        '2312312321312312 asadas-dasdasdads.ru MIT-1.3.2/14-29',
        '99999 aFEWFWewrrwerweadas-dasdasdads.ru MIT-1.4.1/4-6 #1',
        '232222 aFEWFWewsadas-dasdasdads.ru MIT-1.3.4/12-30',
        '23123123 asadewrewras-deewrewrasdasdads.ru MIT-1.4.1/13-29',
        '2312312321312312 asadas-dasdasdads.ru MIT-1.3.2/2-29',
    ];

usort($list, function($str1, $str2){
    preg_match('/MIT-[\d\.\/\-]*/', $str1, $matches1);
    preg_match('/MIT-[\d\.\/\-]*/', $str2, $matches2);
    return strcmp($matches1[0], $matches2[0]);
});

print_r($list);

Результат:

Array
(
    [0] => 2312312321312312 asadas-dasdasdads.ru MIT-1.3.2/14-29
    [1] => 2312312321312312 asadas-dasdasdads.ru MIT-1.3.2/2-29
    [2] => 232222 aFEWFWewsadas-dasdasdads.ru MIT-1.3.4/12-30
    [3] => 23123123 asadewrewras-deewrewrasdasdads.ru MIT-1.4.1/13-29
    [4] => 99999 aFEWFWewrrwerweadas-dasdasdads.ru MIT-1.4.1/4-6 #1
)

рабочий пример

тут тренируйся с регулярками.

Как организовать deploy вебсайта при отсуствии прямого доступа к GIT репозиотрию?

Спасибо за ответ. Тогда нужно будет думать, как синхронизировать внутренний репозиторий с таск-менеджером и внешний с сайтом.