galynsky

Код храним только в файлах. Хранение в базе изначально не продуманная идея.
- Во-первых, текстовые данные (код) нехило ломает кэширование MySQL.
- Во-вторых, доступ к файлам гораздо быстрее.
- В-третих, когда код находиться в базе становиться весьма проблематичным его модифицировать.
- В-четвёртых, лучше использовать Sphinx для поиска по файлам, чем поиск по базе.

Конечно из базы! Также стоит задуматься о хранении скриптов и стилей в отдельных табличках.
Выгода: колоссальная, вы только представьте в вашем index.php будут в итоге всего лишь несколько запросов к базе - на подключение разметки/шаблона, скриптов и стилей, а не всякий лапшакод из html, js, css и php вперемешку