Я не проверял каждую строчку кода, но вообще он выглядит странно.
while (i <= limit) {
if(range % i === 0){
continue;
}
i+= 1
Res += `${range} `;
}
В этом цикле каждый раз когда потенциальное простое число не разделится на очередной делитель, оно допишется в результат.
Конкретно число 3 вообще минует этот цикл, т.к. sqrt(3) < 2.
В общем, проследите, что делает ваш код и исправляйте.
Я думаю, яндекс пугает просто. Кодировать кавычки xml в текстовых нодах стандарт не требует.
У них даже есть валидатор, и он прекрасно пропускает XML с кавычками.
Если все же хотите сделать по-вашему, забейте на DOM, он не умеет. Берите sprintf и htmlspecialchars и делайте все руками, не сильно сложнее будет.
В /etc конфиги лежат, с каких пор там бинарники? Это вообще директория, скорее всего