/usr/local/bin/vkbot/bot.py и ../usr/local/bin/vkbot/bot.py - это в общем случае разные пути. вам следует убедиться, что в вашем случае они идентичны (или не идентичны, и поправить это дело).
что говорит команда ls -l /usr/local/bin/vkbot/, набранная в терминале?
