чекдиск следует запускать с параметрами /f и /r для проверки и обхода повреждённых секторов.
если же он запускался с этими параметрами, а проблемы сохранились, то это означает, что количество неисправных секторов постоянно увеличивается и вы ничего уже не исправите, какой бы программой не воспользовались.