Неподключенный кабель в первый слот воткнут? Если да, то проблема может быть в том, что изображение запуска BIOS выводится на первый слот видеокарты, а оно как раз и занимает 2-3 секунды.
У меня была схожая проблема, в первый слот по display port был подключён телевизор, а во второй по HDMI монитор, я с начала запускал ПК, только потом включал телевизор и изображение на монитор не выводилось первые несколько секунд. Чуть позже включил телевизор первым и после запуска ПК увидел заветную надпись MSI на телевизоре, после которой уже на мониторе пошёл запуск винды.
